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Tipo do documento: Tese
Título: Análise de transcriptoma combinada com estudo de conjuntos de dados multiômicos na identificação de transcritos regulados pelo hormônio tiroidiano
Título(s) alternativo(s): Analisys of transcriptoma combined with study of multiomic data sets in the identification of transcripts regulated by the thyroid hormone
Autor: Almeida, Robson José de 
Primeiro orientador: Camacho, Cléber Pinto
Primeiro membro da banca: Camacho, Cléber Pinto
Segundo membro da banca: Silva Junior, Jose Antonio
Terceiro membro da banca: Silva, Soraia Micaela
Quarto membro da banca: Paschoal, Alexandre Rossi
Resumo: A tiroide é uma glândula endócrina que sintetiza dois hormônios denominados de hormônios tiroidianos (HT), T3 e T4, suas funções sistêmicas, são essenciais para o desenvolvimento e manutenção do organismo, atuando de forma efetiva no metabolismo celular. A investigação clínica por NGS fornece uma alta sensibilidade em uma plataforma de alto rendimento, produzindo dados torrenciais para uma ampla análise genômica. A metabolômica é uma técnica que avalia a concentração de moléculas e substratos em uma determinada situação de interesse. As mitocôndrias regulam seus mecanismos de controle de qualidade afim de manter a homeostase energética do tecido em qualquer condição. Em nosso trabalho, o sangue periférico foi o material escolhido dada à capacidade de amplitude de informações que o transcriptoma de nova geração pode oferecer. Este trabalho foi dividido em dois objetivos: Objetivo primário: Caracterização dos genes mitocondriais diferencialmente expressos no hipotiroidismo e sua correlação com o quadro laboratorial por análises dos transcriptomas, metabolômas, metilômas e identificação de TREs e objetivo secundário: Identificação de genes diferencialmente expressos buscando qualitativamente e quantitativamente identificar o melhor método analítico em diferentes ferramentas e bibliotecas. Cada sequenciamento é um universo particular, fator que define estratégias em bioinformática mais adequadas para diferentes estudos, e para nossa biblioteca a melhor estratégia foi a dispersão comum, dispersão de tendência e teste de razão de verossimilhança. Observamos que os miRNAs e snoRNAs exercem influência sobre os mRNAs diferencialmente expressos. Além disso, os dados da metabolômica e metiloma já publicados, sugerem uma regulação extra genômica que apontam uma tendência biológica do organismo buscar o equilíbrio à uma possível ineficiência do hormônio exógeno. A quantificação de TREs podem ser importantes legitimadores da expressão gênica na eficiência ou deficiência do T3. Genes mitocondriais sofrem alterações de expressões no hipotiroidismo diferentemente do conceito de genes estáveis.
Abstract: The thyroid is an endocrine gland that synthesizes two hormones called thyroid hormones (HT), T3 and T4, their systemic functions, are essential for the development and maintenance of the organism, acting effectively in cell metabolism. Clinical research by NGS provides high sensitivity on a high-throughput platform, producing torrential data for extensive genomic analysis. Metabolomics is a technique that assesses the concentration of molecules and substrates in a given situation of interest. Mitochondria regulate their quality control mechanisms in order to maintain tissue energy homeostasis in any condition. In our work, peripheral blood was the material of choice given the capacity of breadth of information that the new generation transcriptome can offer. This work was divided into two objectives: Primary objective: Characterization of mitochondrial genes differentially expressed in hypothyroidism and their correlation with the laboratory condition by analysis of transcriptomes, metabolomes, methylomomes and identification of TREs and secondary objective: Identification of differentially expressed genes seeking qualitatively and quantitatively identify the best analytical method in different tools and libraries. Each sequencing is a particular universe, a factor that defines strategies in bioinformatics that are most suitable for different studies, and for our library the best strategy was the common dispersion, trend dispersion and likelihood ratio test. We observed that miRNAs and snoRNAs exert an influence on differentially expressed mRNAs. In addition, the published metabolomics and methylome data suggest an extra genomic regulation that points to a biological tendency of the organism to seek equilibrium with a possible inefficiency of the exogenous hormone. The quantification of TREs can be important to legitimize gene expression in T3 efficiency or deficiency. Mitochondrial genes undergo changes in expression in hypothyroidism unlike the concept of stable genes.
Palavras-chave: tiroide
hipotiroidismo
transcriptoma
RNAseq
sequenciamento
biomarcador
metilômica
metabolômica
thyroid
hypothyroidism
transcriptome
RNAseq
sequencing
biomarker
methylomic
metabolomics
Área(s) do CNPq: CIENCIAS DA SAUDE
Idioma: por
País: Brasil
Instituição: Universidade Nove de Julho
Sigla da instituição: UNINOVE
Departamento: Saúde
Programa: Programa de Mestrado em Medicina
Citação: Almeida, Robson José de. Análise de transcriptoma combinada com estudo de conjuntos de dados multiômicos na identificação de transcritos regulados pelo hormônio tiroidiano. 2020. 126 f. Tese( Programa de Mestrado em Medicina) - Universidade Nove de Julho, São Paulo.
Tipo de acesso: Acesso Aberto
URI: http://bibliotecatede.uninove.br/handle/tede/2773
Data de defesa: 14-Dez-2020
Aparece nas coleções:Programa de Mestrado em Medicina

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